THPT Green City Academy tối ưu hóa nội dung chương trình THPT quốc gia giúp học sinh nắm vững trọng tâm và kiến thức cơ bản của từng khối lớp một cách hiệu quả. 
Nhà trường chú trọng việc đổi mới các phương pháp giảng dạy, tích hợp, liên môn (STEM) nhằm mang đến cho học sinh hứng thú trong học tập. Trong mỗi môn học, giáo viên GCA sẽ đưa ra những dự án (project) hoặc vấn đề thực tế để học sinh chủ động phân tích, tư duy logic, thuyết trình, phản biện, giải quyết vấn đề, v.v.. Đây là những kỹ năng cần thiết cho những bậc học cao hơn và công việc của các em trong tương lai.

Bằng tốt nghiệp THPT do Sở Giáo dục & Đào tạo Hà Nội cấp, được Bộ GD&ĐT công nhận trên toàn quốc.

Các môn học trong hệ cơ bản tại GCA bao gồm: Toán; Ngữ Văn; Khoa học tự nhiên (Lý, Hóa, Sinh); Ngoại ngữ; Tin học; Lịch sử; Địa Lý; Công nghệ; GDQP; Thể dục;
Ngoài ra, học sinh học hệ cơ bản có thể đăng kí học tăng cường Toán, Văn, Tiếng Anh ngoài số tiết chuẩn theo quy định của bộ Giáo dục và Đào tạo để nâng cao kiến thức và ôn thi Đại học.